De standaard Nintendo 3DS- en 3DS XL-modellen zitten niet boordevol een game, hoewel ze wel worden geïnstalleerd met software en minigames zoals Gezicht Raiders. Verschillende speciale systeem-en-game Nintendo 3DS- en 3DS XL-bundels worden echter wel bij een game geleverd. Een Nintendo 3DS-model wordt bijvoorbeeld geleverd met een kopie van: Fire Emblem: Awakening (een digitale kopie van de game – geen fysieke gamekaart in een doos). Je kunt ook Nintendo 3DS XL-bundels kopen die vol zitten met fysieke exemplaren van Nieuwe Super Mario Bros 2 en Mariokart 7.
Bundels variëren ook in Europa en Japan, dus winkel rond! Naarmate er nieuwe games voor het platform worden geïntroduceerd, kan Nintendo nieuwe speciale bundels uitbrengen als productkoppeling of ter ondersteuning van een gehypte nieuwe release. De Nintendo 3DS en 3DS XL zijn beide regiogebonden, wat betekent dat lokaal gekochte games niet (of helemaal niet) werken op systemen die buiten je regio zijn gekocht. Bezoek de Nintendo 3DS eShop om een van de vele games te downloaden die via dat platform beschikbaar zijn. De eShop biedt een verscheidenheid aan gratis en betaalde games in veel verschillende gamegenres, dus je kunt beginnen met spelen zonder naar een gamewinkel te gaan om een titel te selecteren.